Der Münsterbaukommission obliegt die Bearbeitung aller Fragen, die mit dem Erhalt des Münsters, der Münsterkapellen und der Kreuzgänge als ein Denkmal von nationaler Bedeutung und mit Einbezug der geschichtlichen, künstlerischen und kulturellen kirchlichen Aspekten stehen. Ihre Kompetenz erstreckt sich unter Einhaltung der denkmalpflegerischen Schutzbestimmungen auf die Pflege (Konservierung, Restaurierung, Rekonstruierung), auf allfällige Veränderungen, die aus dem gottesdienstlichen Leben wünschbar werden und auf die wissenschaftliche Erforschung des Baudenkmals.

Personell besetzt ist dieses Gremium mit Vertretern von Kirche und Staat, das heisst aus je einem Delegierten des Kirchenrates und der Münstergemeinde, dem Hauptpfarrer des Münsters, einem Mitglied zur Wahrung der kunsthistorischen Interessen, zwei Vertretern des Kantons und dem Münsterbaumeister. Mit beratender Stimme haben zudem der Kantonale Denkmalpfleger und der Kantonsarchäologe Einsitz. Die Münsterbaukommission konstituierte sich bereits für die Aussenrestaurierung des Basler Münsters (1925-38) und begleitet seit damals die Unterhaltsarbeiten am Münster.