Für die Instandhaltung des Basler Münsters zeichnen heute zwei rechtlich voneinander unabhängige Gremien verantwortlich. Die Münsterbaukommission in der Rolle der  Bauherrschaft erteilt als Auftraggeberin die jährliche Leistung von Restaurierungsarbeiten an die Stiftung Basler Münsterbauhütte welche in der Rolle der Auftragsnehmerin die ihr erteilten Aufgaben umsetzt und dokumentiert. Die Stiftung wird vom Verein Freunde der Basler Münsterbauhütte in der Öffentlichkeitsarbeit und in finanziellen Angelegenheiten unterstützt.

Das Münster mit dem Kreuzgang ist seit 1911 Eigentum der Evangelisch-reformierten Kirche Basel-Stadt. Das Bauwerk ist für die Stadt-Basel sowohl als Hauptkirche der Münstergemeinde wie auch aus kunst- und kulturhistorischer Sicht von grosser Bedeutung. Aus diesem Grund werden die Unterhaltskosten folgendermassen aufgeteilt

  • Der Kanton Basel-Stadt trägt drei Viertel der Kosten für die Instandhaltung der Aussenhülle, d.h. von Dächern und Fassaden.
  • Die Evangelisch-reformierte Kirche Basel-Stadt übernimmt das weitere Viertel der Instandhaltungskosten der Aussenhülle. Ebenso hat sie für den gesamten baulichen Unterhalt des Kircheninnern sowie für die Investitionen in die haustechnischen Anlagen aufzukommen.
  • Weitere finanzielle Mittel werden durch direkte Bundessubventionen und durch Spenden erbracht.