Hoch- und Spätmittelalter (1006–1356)

Basel ging nach Verhandlungen im Jahr 1006 mit dem Burgunderkönig Rudolf III. erbvertraglich an den deutschen König und späteren Kaiser Heinrich II. über. Zu dessen grosszügigen Schenkungen an die Stadt Basel gehörte neben Land, der Goldenen Altartafel, dem Heinrichskreuz und der Heinrichsglocke auch die finanzielle Unterstützung des frühromanischen Münsterneubaus. Dieser wurde am 11. Oktober 1019 von Bischof Adalbero II. in Anwesenheit Kaiser Heinrichs II. geweiht. 1033 wurde nach Eroberungskämpfen unter dem salischen Kaiser Konrad II. das Königreich Burgund inklusive Basel als Reichsbistum in das Heilige Römische Reich einverleibt. Wie viele andere Städte erlebte auch Basel im 11. Jahrhundert ein Bevölkerungswachstum, nämlich auf 2000 Einwohner. Während der Reichssynode im Jahr 1061 in Basel wurde Bischof Cadalus von Parma zum Gegenpapst Honorius II. gewählt. Bischof Burkhard von Fenis stand während des Investiturstreites auf der Seite von Heinrich IV. und zog 1077 mit diesem nach Canossa, als der exkommunizierte König dort beim Papst Abbitte leisten musste. In Basel gründete Burkhard das Cluniazenserkloster St. Alban (1083) – das erste Kloster Basels ‒ und liess um 1080 eine Stadtbefestigung bauen, deren Verlauf die spätere, im 13. Jahrhundert um wenige Meter ausserhalb davon errichtete Stadtmauer weitgehend folgte. Sie erstreckte sich im Halbrund mit dem Rhein als natürlichem Abschluss entlang der heutigen Stassenzüge St. Alban-Graben ‒ Steinenberg ‒ Kohlenberg ‒ Leonhards- und Petersgraben. Im Verwaltungszentrum auf dem Münsterhügel etablierte sich im Umfeld des Bischofs eine höfische Gesellschaft, und in der Talstadt liessen sich Handwerker und Kaufleute nieder.

Während des 12. Jahrhunderts kam es im rechtsrheinischen Gebiet zu machtpolitischen Konflikten zwischen den Bischöfen von Basel und dem Hause Zähringen, deren Machtstellung im Jahre 1218 mit dem Tode Bertholds V. endete. Nach dem Bau der Rheinbrücke um 1225 unter Bischof Heinrich II. von Thun wurde Kleinbasel besiedelt. Ab 1226 begannen sich die Handwerker in Zünften zu organisieren. Mit der ersten Verfassung, der sogenannten Basler Handfeste, die Bischof Heinrich von Neuenburg (1263–74) der Stadt übergab, wurde festgelegt, dass ein Stadtrat und – von diesem – ein Bürgermeister gewählt werden durfte.

In die 2. Hälfte des 13. Jahrhunderts fiel der Niedergang der bischöflichen Herrschaft und der Aufstieg des Bürger- und Rittertums. Mit der Wahl des Grafen Rudolf von Habsburg im Jahr 1273 zum römisch-deutschen König endeten die jahrelangen kriegerischen Auseinandersetzungen mit dem Basler Bischof um den Besitz der Region. Basel öffnete dem König die Stadttore, und dieser beehrte mit seiner Frau, Königin Anna von Habsburg, die Stadt mit insgesamt 26 Besuchen, die zu einer engen Vernetzung mit Bischof, Domstift, Klöstern und Adelsfamilien führte. Deshalb ist anzunehmen, dass die Stammeltern des Habsburgerhauses Basel anfänglich zu ihrer Residenzstadt machen wollten, bevor sich mit dem Sieg über Ottokar von Böhmen Wien als Residenzort des Königspaars etablierte. Rudolf und Anna von Habsburg wählten das Münster als Ort ihrer Familiengrablege und waren vermutlich Auftraggeber des neu errichteten Hauptportals.

Im Jahr 1349 wurde Basel von einer Pestepidemie heimgesucht. Das nächste Unglück folgte kurze Zeit später, denn 1356 erschütterte ein starkes Erdbeben mit Grossbrand die Stadt. Viele Häuser und der Chor des Münsters wie auch dessen Gewölbe und die fünf Türme stürzten ein. Der Wiederaufbau der Stadt erfolgte in relativ kurzer Zeit mit Hilfe der Nachbarstädte und der Eigeninitiative der Bevölkerung.