Die Kirchgemeindeversammlung ist das oberste Organ der Kirchgemeinde, sie trifft sich i.d.R. jährlich. Sie nimmt die Wahlen in den Kirchenvorstand und Synode vor und behandelt Anträge aus der Gemeinde oder des Kirchenvorstandes. Massgebend ist die Kirchgemeindeordnung.
Der Kirchenvorstand, zu dem auch die Gemeindepfarrer gehören, trägt die Verantwortung für die gesamte Münstergemeinde. Der Präsident ist Daniel Schmidt.
Für die innere Münstergemeinde zuständig ist der Kirchenvorstand-Ausschuss, der – im Sinne eines Arbeitskreises – die Geschäfte leitet. Zum Kirchenvorstand-Ausschuss der inneren Münstergemeinde gehören:
- Daniel Bürgin
- Dr. Sabine Burckhardt Wasna
- Andrée Koechlin, Vorsitz
- Dr. Frank Rohde
- Pfrn. Dr. Caroline Schröder Field
Das oberste Organ der Kirche ist die Synode. Sie besteht aus 80 Frauen und Männern (Synodale), die von allen stimmberechtigten Kirchenmitgliedern für jeweils vier Jahre gewählt werden. Die Münstergemeinde wird zur Zeit vertreten von:
- Peter Berdat
- Pfr. Stefan Burkhalter
- Dr. Bernhard Christ
- Dr. Sabine Burckhardt Wasna
- Therese Kämpfer Künzi
- Dr. Martin Keller
- Benjamin Liebherr
- Kathrin Pope-Brückner
- Ueli Rusch
- Paul Stohler
- Georges Vonder Mühll
